协议离婚孩子的抚养权人可以先通过双方协商确定，协商成功的按照协商结果处理；协商不成功的，由法院判决；法院会让不满两周岁的子女由母亲直接抚养。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。

法律依据

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条   父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。   离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。   离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。