专利实施许可备案的时间限制

根据相关法律规定，专利实施许可备案必须在专利实施许可合同签订之日起的三个月内办理。

超过时间限制的处理方式

如果超过三个月没有办理备案手续，根据法律规定，应当签订补充协议或者重新订立专利实施许可合同。

补充协议的适用情况

一般来说，企业如果申报高企，则比较希望合同期限尽早生效。在这种情况下，采用补充协议是较为合适的选择。补充协议应包含以下内容：

1. 确认该专利权仍然有效；
2. 确认主合同继续有效；
3. 解释之前未办理备案的过失，说明现在需要办理备案手续。