协商解决纠纷

协商解决是解决民事纠纷的常用方法。当企业的商业秘密遭到侵犯时，可以与侵权人进行调解、和解，要求停止侵权、恢复名誉并进行适当赔偿。企业应当注意，采取行政、刑事、民事诉讼等法律途径解决纠纷可能会进一步扩散商业秘密，因此协商解决是解决商业秘密侵犯问题的首要选择。

申请经济仲裁

在日常经济往来中，企业的商业秘密有可能被客户泄漏或侵犯。在这种情况下，可以根据双方买卖合同、加工合同、转让合同或合作合同中的仲裁条款申请仲裁。如果没有事先约定仲裁条款，但在侵权行为发生后双方自愿达成仲裁协议，也可以向当地仲裁机构申请仲裁。我国实行一裁终局制度，一旦裁决作出，任何一方不能再就同一纠纷向人民法院起诉，有利于节省资源。

申请劳动仲裁

根据我国《劳动法》及相关规定，当劳动者违反劳动合同中约定的保密事项，对企业造成经济损失，或者劳动者跳槽到新用人单位并共同侵犯商业秘密导致原用人单位经济损失时，企业可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如果对仲裁裁决不服，可以向人民法院起诉。这种方法适用于职工违反保密协议、竞业禁止协议等情况。

行政投诉

根据我国《反不正当竞争法》，县级以上人民政府工商行政管理部门有权对不正当竞争行为进行监督检查。因此，当企业的商业秘密被侵犯时，可以向政府机关寻求保护，并向工商部门举报。在举报时，应当提供有关证据，并根据案件的重大程度向不同级别的工商行政部门提出申请。除了可以要求责令停止侵权，企业还可以要求赔偿并返还载有商业秘密的资料。

刑事报案

根据我国《刑法》第219条和第220条的规定，对于侵犯商业秘密行为，如果给商业秘密的权利人造成重大损失，可以向公安机关报案要求处理。在通过这种途径解决纠纷时，如果案件涉及非常专业的知识，应当提供相关资料给公安机关侦查人员，以便他们能够尽快了解并熟悉案件，并积极配合侦查工作。

提起民事诉讼

根据我国《民法通则》和《反不正当竞争法》等法律规定，企业的商业秘密被侵犯时，可以直接向人民法院提起民事诉讼。在向法院提起诉讼时，企业应当注意处理时效、管辖、证据、被告主体和请求赔偿金额等问题，避免因诉讼经验和技巧不足而败诉。