1.1 遗嘱的效力

根据《继承法》第5条的规定，继承开始后，应按照法定继承进行处理。如果存在遗嘱，应按照遗嘱继承或者遗赠办理。如果存在遗赠扶养协议，则应按照协议进行处理。因此，遗赠扶养协议的效力高于遗嘱。叶老汉在与村委会签订的遗赠扶养协议中对三间房屋进行了前后两次处分行为。根据法律规定，应以遗赠扶养协议为准。叶老汉生前遗嘱中规定叶伟继承其三间房屋的部分无效，但并不影响其他部分的法律效力，其他部分仍然有效。

1.2 三间房屋归属

根据叶老汉与村委会签订的遗赠扶养协议，叶伟对三间房屋享有继承权。叶老汉生前遗嘱中规定叶伟继承三间房屋的部分无效，因此该部分应按照遗赠扶养协议的约定进行处理。叶伟应享有对三间房屋的继承权。

问题二：叶老汉的1万元存款应如何处理？

2.1 存款继承

根据叶老汉生前的遗嘱，叶伟应继承5000元存款。遗嘱明确规定了叶伟继承该部分财产，因此该部分存款应按照遗嘱进行继承办理。

2.2 法定继承

对于遗嘱和遗赠扶养协议未涉及的5000元存款，应按照法定继承进行处理。叶军和叶伟作为叶老汉的法定继承人，应平均分配继承。叶军应继承2500元，叶伟应继承7500元。

2.3 转继承

如果叶军或叶伟在继承后去世，其继承份额将发生转继承。例如，如果叶军去世后，王忠堂将继承遗嘱未处分的5000元。如果王忠堂也去世，其妻子将继承他已经继承的份额。在此情况下，不需要满足代位继承人的“晚辈直系血亲”要求。

问题三：2000元的债务应如何处理？

根据《继承法》第33条的规定，继承遗产应当清偿被继承人依法应当缴纳的税款和债务。根据最高人民法院《关于贯彻执行(继承法)若干问题的意见》第62条的规定，如果同时存在法定继承人和遗嘱继承人，应首先由法定继承人使用其所得遗产清偿债务。在本案中，王忠义是王忠堂唯一的法定继承人，应从他继承的5000元中偿还债务。剩下的3000元应由王忠义的妻子继承。