一、农村拆迁程序的合法性及国家赔偿申请

根据我国《土地管理法》第78条第2款的规定，非法批准征用、使用土地并给当事人造成损失的，应承担赔偿责任。同时，根据我国《国家赔偿法》第4条第3款的规定，违反国家规定征收财物的，受害人有权请求赔偿。此外，我国《行政诉讼法》第67条规定，公民、法人或其他组织的合法权益受到行政机关或行政机关工作人员具体行政行为侵害造成损失的，有权请求赔偿。最高人民法院《关于执行中华人民共和国行政诉讼若干问题的解释》第59条2款规定，被诉具体行政行为违法并造成损害的应承担赔偿责任。

根据上述法律规定，我国确立了土地征收侵权的行政赔偿制度。如果政府及土地行政主管部门在征收过程中违反了《宪法》、《土地管理实施条例》等法律和法规，并导致被征收人土地权益受损，符合国家赔偿要件。因此，被征收人可以选择通过行政诉讼途径维护自己的权益。人民法院在审理此类案件时，可适用国家赔偿法、行政法等相关法律的规定。在计算赔偿范围时，根据《国家赔偿法》第28条的规定，对于公民、法人或其他组织造成的财产损害，应按照直接损失给予赔偿，不赔偿间接损失。

二、农村房屋拆迁程序的规定

被拆除房屋的用途和建筑面积一般以房地产权证、农村宅基地使用证或建房批准文件的记载为准。如果记载与实际不符，除已依法确认的违章建筑外，应以实际面积为准。

特殊情况的处理如下：

1、已建造完毕的新房

如果在征地公告时，被拆迁人已取得建房批准文件且新房已建造完毕，对新房予以补偿，不予补偿应当拆除而未拆除的旧房。如果在征地公告时，被拆迁人已取得建房批准文件但新房尚未建造完毕，被拆迁人应立即停止建房，并根据建房批准文件内容进行补偿，也可以由拆迁当事人协商议定。

2、临时建筑

拆除未超过批准期限的临时建筑，可以给予适当补偿。

3、违法建筑及超期建筑

违法并应无偿拆除的建筑、超过批准期限的临时建筑，以及征地公告后擅自进行房屋及其附属物新建、改建、扩建的部分，一般不予补偿。

4、国有土地与集体土地的处理

在拆迁范围内既有国有土地又有集体土地的情况下，国有土地范围内的拆迁房屋补偿安置按照城市房屋拆迁管理规定执行；被征集体土地范围内的房屋拆迁补偿安置按照集体所有土地房屋拆迁补偿安置的规定执行。如果当地规定按照城市房屋拆迁规定执行，则按照其规定执行。