认定合法分居离婚的证据包括夫妻双方签订的分居协议、一方在外居住的房屋租赁合同或购房合同上的落款日期经过一段时间，或者是能证明分居的聊天记录，知情人的证言等来证明。

法律依据

《《中华人民共和国民事诉讼法》》第六十七条   当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。   当事人及其诉讼代理人因客观原因不能自行收集的证据，或者人民法院认为审理案件需要的证据，人民法院应当调查收集。   人民法院应当按照法定程序，全面地、客观地审查核实证据。