怀孕期间的协议离婚程序：双方当事人必须亲自到一方户口所在地的民政局申请离婚登记，工作人员应当对夫妻出具的有关材料进行严格审查。民政局经过审查后，确认当事人有离婚意愿，度过冷静期并且已经对子女抚养、财产、债务等问题达成一致处理意见的，应当予以离婚。但是男方若无特殊理由，不得在女方怀孕时提离婚。

法律依据

《《中华人民共和国民法典》》第一千零八十条   【婚姻关系解除时间】完成离婚登记，或者离婚判决书、调解书生效，即解除婚姻关系。

《《中华人民共和国民法典》》第一千零七十八条   【离婚登记】婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。

《《中华人民共和国民法典》》第一千零七十六条   【协议离婚】夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。   离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。