土地确权时才知道土地被侵占了怎么办，法律

当土地确权时发现被侵占，可以通过协商、行政处理或诉讼等途径解决。

根据《中华人民共和国土地管理法》和相关法规，如果土地所有权或使用权发生争议，当事人应首先尝试协商解决；若协商不成，可向县级以上人民政府申请行政处理。如果对行政处理决定不满，可以在接到处理决定通知后三十日内向地方人民法院提起诉讼。

在处理过程中，侵权方应停止侵权行为并退还非法占用的土地。如果非法占用行为导致损失，侵权方还需承担赔偿责任。对于不按照土地利用总体规划批准的用途占用土地的行为，将面临更严格的处罚，包括限期拆除非法建筑、恢复土地原状甚至追究刑事责任。

综上所述，土地确权时发现被侵占可以通过多种途径解决，确保土地权益得到合法保护。