就是我家在村里16年的时候想建个房子 然

这种情况下，首先需要明确的是，根据《中华人民共和国土地管理法》的规定，国家对土地使用者依法取得的土地使用权进行征收时，应当给予公平、合理的补偿。

具体到您的情况，如果当局确实需要征收您的宅基地用于其他目的，那么您有权获得相应的补偿。《土地管理法》规定了关于征地批后实施程序及征地补偿的标准和程序，这通常包括土地补偿费、安置补助费以及对地上附着物和青苗的补偿。如果您的宅基地上已经投入了资金进行建设（如花费九万元做地基），这部分投入也应得到适当的考虑。

您提到的三千元赔偿显然与您之前的投入不符，可能远低于应有的补偿金额。因此，您应当要求地方政府或有关部门依法给出合理的补偿方案。如果协商不成，您可以根据《土地管理法》第四十八条的规定，要求政府按照国家和地方规定的标准进行补偿。

如果政府未能提供满意的补偿方案，您可以通过法律途径维护自己的权益，包括但不限于向法院提起行政诉讼。