孩子有重大疾病情况下离婚，孩子归谁抚养首先由双方协商决定，协商不成的，也可以向人民法院提起诉讼，法院一般判决两周岁以下的子女归女方抚养，已满两周岁的根据子女的权益和双方的具体情况判决，子女已满八周岁的，尊重其真实意愿进行判决。

法律依据

《《中华人民共和国民法典》》第一千零八十四条   【离婚后的父母子女关系】父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。   离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。   离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。